Bên cạnh nhiệm vụ thu thập báo cáo thông tin, dự báo về thời tiết tại Nhật Bản; Cơ quan Khí tượng Nhật Bản còn theo dõi và cảnh báo một số loại thiên tai như động đất, sóng thần, núi lửa phun.[5]

Cơ quan Khí tượng Nhật Bản có sáu cơ quan hành chính địa phương (năm Trạm quan trắc Khí tượng Địa hạt (DMO) và Trạm quan trắc Khí tượng Okinawa), bốn Trạm quan trắc Hàng hải, năm cơ sở phụ, bốn Trung tâm Dịch vụ Thời tiết Hàng không và 47 Trạm quan trắc Khí tượng Địa phương (LMO). Việc thu thập dữ liệu được sự hỗ trợ từ các vệ tinh thời tiết như Himawari và các viện nghiên cứu khác.[5]

Vào năm 1968, Tổ chức Khí tượng Thế giới (WMO) đã chỉ định JMA là Trung tâm Khí tượng Chuyên ngành Khu vực (RSMC) của vùng châu Á.[6] Đến tháng 6 năm 1988, WMO tiếp tục chỉ định JMA là RSMC của khu vực Tây Bắc Thái Bình Dương - một việc làm trong chương trình xoáy thuận nhiệt đới của tổ chức này.[6] Tháng 7 năm 1989, Trung tâm Bão Tây Bắc Thái Bình Dương (Typhoon Center) được thành lập để dự báo và phổ biến thông tin về xoáy thuận nhiệt đới, cũng như để chuẩn bị cho nhiệm vụ tóm lược, báo cáo về hoạt động của các cơn bão trên Tây Bắc Thái Bình Dương mỗi năm.[7]